NCBI上传数据“指北”
来自好基友 Chaoli 的供稿支持！！！！
NCBI上传数据，获取数据编号步骤详解
注意
开启代理服务器（vpn）可能会导致无法访问NCBI，如果打开NCBI失败，请尝试关闭代理服务器之后再访问NCBI。
准备工作
点击进入 SRA数据提交入口。
这里如果没有登录NCBI，需要先登录NCBI账户
点击log in按钮，直接登录已有NCBI账户或注册NCBI账户后完成登录。
安装Aspera浏览器插件
登录后返回SRA数据上传入口，第一次传输建议先下载安装 Aspera 浏览器插件，传输速度比普通网页传输要快很多倍。
点击箭头所指的Aspera Browser plugin完成下载及安装。
上传数据
再次回到SRA数据上传入口开始上传数据。点击New submission按钮。
随后跳转到新的提交页面，共分为五个环节：1 SUBMITTER, 2 GENERAL INFO, 3 SRA METADATA, 4 FILES, 5 REVIEW & SUBMIT。
中间的每一个环节都可以暂停并保存进度。
提交者信息
带*的选项为必填项，其他选项可以不填。
Group for this submission选择 1 member或者根据实际情况添加成员，后续也可以编辑。
必要的个人信息、单位信息填写完毕后，点击Continue进入下一步。
SRA基础信息
如果是将SRA数据上传到某个已有的BioProject下的BioSample中，在BioProject和BioSample选项中选择Yes并在下面的输入框中输入已有的BioProject及BioSample编号即可。
如果SRA数据还没有创建对应的BioProject和BioSample，则选择No。
最后选择SRA数据的释放时间，点击Continue按钮。
SRA项目信息
上一步中的BioProject和BioSample如果都选择了No，接下来会增加3个环节，分别是3 PROJECT INFO, 4 BIOSAMPLE TYPE, 5 BIOSAMPLE ATTRIBUTES。
同样不带*的选项，不用填写。
注意Project title尽量表达清晰。可以选择物种名 + 测序类型的形式。
其他必要的信息可以在Public description中补充。
点击Continue继续下一步。
SRA样品类型
直接在All packages选项卡中选择Microbe即可。
点击Continue继续下一步。
SRA样品属性
选择Use built-in table editor之后，在网页中直接填写。
同样带*的选项为必填项，带两个*的所有选项中至少要选填一项，带两个†的选项同理。
一般可选择填写 样品名、种名、株系、采集生境、采集时间、地理位置和样品类型。
点击Continue继续下一步。
SRA数据信息
同样选择Use built-in table editor之后，在网页中直接填写。
需要注意的是，一般我们的数据是二代双端测序数据，每个文库产生对应的两个数据文件，比如DNA_1.fq和DNA_2.fq。
在填写数据信息的过程中是按照文库填写的，每个文库登记一行。
在Sample name单元格下拉选择数据所属的BioSample后，填写文库编号及文库标题。
如果是DNA测序数据Library strategy一般选择WGS，其他选项可以参照下图填写。
如果是RNAseq测序数据，则Library strategy要选择对应的RNA-Seq，Library source根据提取实验方法可以选择TRANCRIPTOMIC，Library selection选择Oligo-dT。
Design description可以补充提取实验的试剂盒信息。
所有文库信息填写完毕后，点击Continue继续下一步。
上传文件完成提交
选择Web brower upload via HTTP or Aspera Connect plugin。
点击Choose files按钮选择需要上传的文件，这里会自动调用刚才安装的Aspera插件进行传输，速度非常快，也没有10 GB的限制。
选择Autofinish submission按钮，数据传输完成自动提交，同时会发送邮件进行通知。
到这里SRA数据的提交就完成了。
获得SRA数据编号
SRA数据提交之后，NCBI会对数据进行审核，这个过程大概需要几天的时间。
数据审核通过后，SRA数据编号会直接发送到用户在NCBI登记的邮箱中。
NCBI上传SRA数据过程中，有时候还会出现许多奇奇怪怪的报错。
- 上传文件要是为.gz结尾的压缩文件，需要检查是否是真正的压缩格式，还是只是单纯改了文件后缀为.gz。若只改后缀名，上传文件后，系统会检查文件格式并返回错误信息。
- 单个文件大小要小于100Gb。
- 不稳定的网络可能也会造成上传文件错误。
