从基因聊起(2)
对于一个基因，我们对其“基础属性”认识越全面，越对我们在后续进行实验和分析时提供更多的思路。
基因名字
搞清楚正确的基因名和准确使用依然是首要。之前文章讲到数据库中可能存在基因名注释明显错误，当然这只是很少情况。
由于基因命名早期没有明确的统一规范，我们会遇到一种基因有很多别名的情况。
例如节律相关基因：BMAL1 (brain and muscle ARNT-like 1) 与果蝇的CYC (cycle) 同源，也有别名 ARNTL (Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein)。在不同物种使用也有偏好性，如在节肢动物中更多使用CYC写法。(左图来源，右图来源)
对于复杂基因名的确定，除了 NCBI 中查询，我们也可以借助 Genecards，flybase 和 zfin 等数据库查询。当然，要还是搞不清楚，那肯定就是看看高分文献里都是怎么写的。
为了提高浏览器使用效率，我们也可以借助 gene-info插件，展示一些基因信息。
基因名的使用当然也包括在论文中正确书写，不同的物种的命名规范也是存在差异。这里引用《南方水产科学》公众号一篇推文内容。其他参考网址：如何正确使用基因/蛋白质的名称格式，蛋白质和基因的命名规则。
基因结构
NCBI数据库为我们查找基因信息提供了极大便利性，应该对此熟练掌握和使用。
如搜索半滑舌鳎中的pax1a基因，并进一步在Genome Data Viewer中探索详细信息，包括所在染色体(A)，染色体上坐标(B)，转录本信息(C)，外显子信息(D)和RNA-seq数据支持的外显子覆盖度信息(E)等。也可以直接下载基因的序列。
当然这些在该基因的主页上也都有详细信息的展示。也能进一步下载基因上下游序列信息。
根据基因的一些信息，也能进一步在线绘制基因结构图。详细操作参考 《组学大讲堂》公众号的一篇推文。
看文献吧
本想再絮絮叨叨写一些，感觉越写越像基因家族分析的一些内容。
我写的，肯定不如精读几篇基因家族相关的文献，可以更进一步加深对基因“基础属性”的理解。
索性就删去。
